Οι μονές και τα ξωκλήσια της Αστυπάλαιας ξεπερνούν τα 350.

Η κυριότερη εκκλησία του νησιού και η μητρόπολη είναι η Παναγιά η Πορταΐτισσα κάτω από το κάστρο.
Η εκκλησία της Μεγάλης Παναγιάς βρίσκεται στη Χώρα. Το όνομά της οφείλεται στο γεγονός ότι παλαιότερα τη θεωρούσαν τη μεγαλύτερη εκκλησία του νησιού, το κύριο χαρακτηριστικό της είναι η αυλή της, με το ασπρόμαυρο βοτσαλωτό δάπεδο του 1879.

Στο Κάστρο των Κουερίνι υπάρχουν δύο εκκλησίες, η Παναγιά του Κάστρου και ο Άγιος Γεώργιος. Η παλαιότερη είναι ο Άγιος Γεώργιος. Χτισμένη το 1790, βρίσκεται στην άκρη του Κάστρου. Είναι μια απλή εκκλησία, σε μορφή βασιλικής με τρούλο. Έχει ένα ιδιαίτερο ξυλόγλυπτο τέμπλο κι έναν επισκοπικό θρόνο. Η Παναγιά του Κάστρου, κτισμένη στα μέσα του 18ου αιώνα, είναι κι αυτή μορφή βασιλικής με τρούλο. Έχει ξυλόγλυπτο εικονοστάσι ντυμένο με φύλλα χρυσού. Στο δάπεδο υπάρχει ένα γλυπτό που απεικονίζει ένα δικέφαλο αετό. Δίπλα στο ναό υπάρχει μια μικρή συλλογή με παλιές εικόνες. Οι δύο εκκλησίες είναι ολόλευκες με γαλάζιους τρούλους, δημιουργώντας αντίθεση ανάμεσα στα καστρόσπιτα αστυπαλαια τι να δεις

Στο δρόμο προς το Βαθύ βρίσκεται η εκκλησία της Παναγιάς της Πουλαριανής, της προστάτιδας των ναυτικών. Ο βράχος σχηματίζει την Παναγιά έχοντας αγκαλιά το θείο βρέφος. Σύμφωνα με την παράδοση, σε άσχημο καιρό ανάβει φως στα βράχια.

Πολύ γνωστό είναι το Μοναστήρι της Παναγιάς της Φλεβαριώτισσας. Βρίσκεται στη Χώρα και μέρος της εκκλησίας είναι χτισμένο μέσα σε σπηλιά. Αρχιτεκτονικά μέλη στην αυλή δείχνουν ότι υπήρξε αρχαίο κέντρο λατρείας. Χαρακτηριστικό του μοναστηριού είναι το ξυλόγλυπτο τέμπλο στο εσωτερικό του.

Το Μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Μακρύ βρίσκεται στη νότια πλευρά του νησιού και είναι κτισμένο σε ένα τοπίο με πανέμορφη θέα. Κάτω από το εκκλησάκι υπάρχουν περιβόλια και πηγές με γάργαρα νερά. Η ρεματιά καταλήγει σε ακρογιαλιά με κρυστάλλινα νερά.

Άλλες αξιόλογες εκκλησίες είναι ο Άγιος Νικόλαος, ο Άγιος Ιωάννης, ο Άγιος Δημήτριος, το εκκλησάκι της Ανάληψης- το παλαιότερο του οικισμού της Μαλτεζάνας- ο Άγιος Παντελεήμων, ο Άγιος Βασίλειος, ο Άγιος Ελευθέριος, το μοναστήρι της Αγίας Λιβύης, στα νότια του νησιού, ο Άγιος Γεώργιος και ο Άγιος Κωνσταντίνος.